隨著分子生物學技術的發展，以蛋白質的結構和功能為基礎來認識生命現象，已經成為當代生物醫藥研發的關注點之一。為了研究蛋白質，首先需要進行蛋白分離和重組蛋白純化，來得到高度純化并且具有生物活性的蛋白質。由于每一種蛋白的性質都有不同，所以沒有一種通用的蛋白純化方法，但是總的來說，一般影響重組蛋白純化的因素主要有以下幾種：

1、蛋白的屬性

在進行重組蛋白純化時，需要盡可能多的了解蛋白的屬性。如蛋白的化學性質，是否容易被蛋白酶降解，是否會和一些金屬離子、化學成分發生反應。蛋白的物理性質，是否對溫度敏感等。還有目的蛋白表達的定位，目的蛋白表達在胞內、細胞內膜、周質空間還是胞外等。

2、細胞內形成的區域與形式

細胞內區域化指的是模型細胞器對細胞的分割作用。內膜系統在細胞內形成一個個彼此隔離、相互的功能性結構區域，稱為細胞內房室化或區域化。細胞內區域化可以擴大細胞內的表面積，為提高細胞代謝功能奠定基礎，還可以形成細胞內不同的特殊微環境，有效提高了細胞新陳代謝的質量和效率。細胞內區域化還形成了一個嚴密而完善的細胞內體系。

3、蛋白表達系統的選擇

一般來說蛋白表達的量依賴于所選擇的蛋白表達系統。如對宿主細胞具有毒性，需要選擇抗毒性的表達系統。而且不同表達系統，如大腸桿菌表達系統、酵母表達系統、CHO細胞表達系統等和培養方法都顯著影響下游的處理過程。

4、菌株的背景

在重組蛋白純化的研究中，尤其是大腸桿菌表達純化時，需要注意宿主菌的選擇。多數人會直接選擇自己實驗室曾經用過的表達菌株，或者是載體配套的菌株，而不去追究原因，即使表達結果不佳，大多在表達條件和載體上找原因，也不會考究菌株的選擇是否適合。菌株的背景很重要，如菌株內源的蛋白酶過多，可能會造成外源表達產物的不穩定，所以一些蛋白酶缺陷型菌株往往成為理想的起始表達菌株。在決定是否使用何種菌株時，還需要注意不同菌株有時已經攜帶某個質粒或者已經具有某種抗生素抗性，要注意自己的表達質粒是否能與之兼容。

而且為了得到正確折疊的目的蛋白，在誘導方式的選擇上，需要考慮表達菌株的一些情況。如表達菌種的生長情況，菌種是否健壯、是否是單克隆菌種、菌體的濃度是否適合誘導。生長狀態不好的表達菌，一方面會造成目的蛋白的錯誤折疊，造成蛋白大小、形態等發生改變，另一方面會因為IPTG的加入，導致菌體死亡或者降解。

5、表達蛋白的應用

蛋白表達、分離、純化可以探索和研究基因的功能以及基因表達調控的機理、供作結構與功能的研究和作為催化劑、營養劑等。選擇表達載體時，要根據所表達蛋白的終應用考慮。如為方便純化，可選擇融合表達；如為獲得天然蛋白，可選擇非融合表達。

培養條件的選擇也很重要，在實際的操作中，需要根據實際情況先小量摸索蛋白純化條件，待佳條件確定，可以按照比例放大來純化目的蛋白